Ghost in the Shell racconta la storia di Major, un agente speciale, un ibrido tra cyborg e umano unico nel suo genere, che guida la task force speciale Section 9. Incaricata di fermare i più pericolosi criminali ed estremisti, la Section 9 dovrà confrontarsi con un nemico il cui obiettivo singolare è quello di annientare i progressi nel campo della cyber technology della Hanka Robotic.