E’ la storia dell’intelligente e gentile Kubo, che racconta storie fantastiche alla gente del suo paese in riva al mare. Ma quando compare un antico spirito, in cerca di secolare vendetta, Kubo è costretto a fuggire e si unisce a Monkey e Beetle che cercheranno di aiutarlo a salvare la sua famiglia e svelare il mistero della morte del padre. Col suo magico strumento, lo shamisen, dovrà combattere contro dèi e mostri.