Maria Maddalena racconta la storia di una giovane donna in cerca di una nuova vita, che sia finalmente libera dalle tradizioni famigliari e dalla società fortemente gerarchica e maschilista del suo tempo. Troverà l’occasione per intraprendere un cammino di crescita grazie al neonato movimento religioso e sociale fondato dal carismatico Gesù di Nazareth (Joaquin Phoenix). In questo contesto riuscirà finalmente a trovare il proprio posto nel mondo, avviandosi a un viaggio di maturazione interiore che culminerà nella città di Gerusalemme.